Семинар Биоинформатика, 7. децембар 2016.

• 01. Децембар, 2016
• Коментари (0)

Наредни састанак Семинара биће одржан у среду, 7. децембра 2016. у сали 706 Математичког факултета са почетком у 18:15 часова.

Предавач: Драгана Дудић, мастер рачунарства, Центар за истраживање података и биоинформатику Пољопривредног факултета

Наслов предавања: РНК СЕКВЕНЦИРАЊЕ И ТРАНСКРИПТОМ БИЉАКА: СПЕЦИФИЧНОСТИ, АЛАТИ И ПРОБЛЕМИ

Апстракт:
РНК секвенцирање (RNA-seq) је процедура секвенцирања која омогућава анализу транскриптома и експресије гена, а која је омогућена појавом техника нове генерације секвенцирања (НГС). RNA-seq се битно разликује од ДНК секвенцирања у неколико аспеката. Сам процес креирања секвенци је специфичан јер се, због нестабилности РНК молекула, реверзибилном транскрипцијом генеришу цДНК библиотеке које се убацују у НГС секвенционер и секвенцирају. Даље, анализа података обухвата, између осталог, и мапирање на референтне секвенце. С обзиром да су, чак и за најистраживаније организме, транскриптоми и даље некомплетни, ово мапирање се у ствари врши на геном. Због тога уобичајени алати, попут BLAST-а или ClustalW, нису погодни за употребу, већ се развијају нови који узимају у обзир специфичност РНК података. Додатни проблеми настају у ситуацијама када се анализирају полиплоидни или високо репетитивни транскриптоми, какви су нпр. транскриптоми биљака. У оквиру излагања биће дат осврт на ове теме и представљени конкретни изазови са којима су се истраживачи суочили на примеру транскриптома кукуруза.

Организатори Семинара су проф. др Гордана Павловић-Лажетић, проф. др Бранко Драговић и проф. др Ненад Митић, руководилац