Seminar Bioinformatika, 7. decembar 2016.

• 01. Decembar,  2016
• Komentari (0)

Naredni sastanak Seminara biće održan u sredu, 7. decembra 2016. u sali 706 Matematičkog fakulteta sa početkom u 18:15 časova.

Predavač: Dragana Dudić, master računarstva, Centar za istraživanje podataka i bioinformatiku Poljoprivrednog fakulteta

Naslov predavanja: RNK SEKVENCIRANjE I TRANSKRIPTOM BILjAKA: SPECIFIČNOSTI, ALATI I PROBLEMI

Apstrakt:
RNK sekvenciranje (RNA-seq) je procedura sekvenciranja koja omogućava analizu transkriptoma i ekspresije gena, a koja je omogućena pojavom tehnika nove generacije sekvenciranja (NGS). RNA-seq se bitno razlikuje od DNK sekvenciranja u nekoliko aspekata. Sam proces kreiranja sekvenci je specifičan jer se, zbog nestabilnosti RNK molekula, reverzibilnom transkripcijom generišu cDNK biblioteke koje se ubacuju u NGS sekvencioner i sekvenciraju. Dalje, analiza podataka obuhvata, između ostalog, i mapiranje na referentne sekvence. S obzirom da su, čak i za najistraživanije organizme, transkriptomi i dalje nekompletni, ovo mapiranje se u stvari vrši na genom. Zbog toga uobičajeni alati, poput BLAST-a ili ClustalW, nisu pogodni za upotrebu, već se razvijaju novi koji uzimaju u obzir specifičnost RNK podataka. Dodatni problemi nastaju u situacijama kada se analiziraju poliploidni ili visoko repetitivni transkriptomi, kakvi su npr. transkriptomi biljaka. U okviru izlaganja biće dat osvrt na ove teme i predstavljeni konkretni izazovi sa kojima su se istraživači suočili na primeru transkriptoma kukuruza.

Organizatori Seminara su prof. dr Gordana Pavlović-Lažetić, prof. dr Branko Dragović i prof. dr Nenad Mitić, rukovodilac

---